DNA origami入門
～基礎から学ぶDNAナノ構造体の設計技法～
概要
2021年5月にオーム社より出版した教科書「DNA origami入門～基礎から学ぶDNAナノ構造体の設計技法～」に関するウェブページです。 本書はDNAナノ構造やDNA origamiの基本的な設計原理、ソフトウェアを使った設計手法、初歩的な実験技法を解説した入門書として、東北大学の川又生吹、鈴木勇輝、村田智の共著として執筆したものです。 このウェブページでは参考ファイルのアップロート、文章や画像の訂正を致しますので、DNA origami(DNAオリガミ)の学習にご活用ください。 それぞれのファイルの詳細については、教科書を読んで勉強していただけると幸いです。 本書に関する質問やご意見、ミスの指摘等がありましたら、著者代表である川又にメール(ibuki.kawamata[at]tohoku.ac.jpまたはmail[at]ibuki-kawamata.org)してください。
インストールについて
2021年12月にcaDNAnoのインストール方法が変更され、書籍に記述された方法ではインストールできなくなりました。 その代わり、cadnano2というパッケージをpipでインストールできるようになりました。 日本語による説明は加筆・修正・訂正をご覧ください。 より正確な情報は、開発者のShawn Douglas先生のgithubリポジトリ(リンク)に英語で書かれています。
各章の例題
リンク先はcaDNAnoファイルです（シミュレーションの結果を除く）。
標準構造
リンク先はcaDNAnoファイルです。いずれの構造も7249塩基の長さがあるM13mp18を可能な限り使っています。
課題の回答
リンク先はcaDNAnoファイルです（シミュレーションの結果を除く）。
加筆・修正・訂正
本書の一部に間違いやミスがありました、お詫びいたします。以下の通り内容を加筆、修正、訂正いたします。一部は、上海科技大学および東京大学の多田隈尚史先生にご指摘いただきました、ありがとうございます。
- 19ページ、図2.4のウェブページが出版直前に更新されました。以下が現在の状態です。
- 21ページ、インストール方法が出版後の2021年12月に変更されました。書籍に書かれたcaDNAno2.3を使用するには、21ページでアクセスするGitHubのURLを変更し、古いバージョンをダウンロードするようにします。 アクセスするURLはhttps://github.com/douglaslab/cadnano2ではなく、https://github.com/douglaslab/cadnano2/tree/ff5ab14f140a84db935f0977236e2b93547ea323になります。
- 22ページ、インストール後のcaDNAnoの実行方法が分かりづらい部分を補足します。caDNAnoを実行するには、「パワーシェルにおいてpython main.pyというコマンドを実行」と書いてありますが、事前に書かれている、「展開したフォルダにおいて」という指示に従う必要があります。そのためには、パワーシェルにおいて、「cd」というコマンドを用いてカレントディレクトリを変更する必要があります。例えばデスクトップのcadnanoというフォルダに展開した場合には「cd $env:USERPROFILE\Desktop\cadnano」というコマンドを実行します。もし違うフォルダに展開した場合には、そのフォルダを指定します。また、インストールの状況によっては、コマンドを用いずに実行可能な場合があります。具体的には、cadnanoのフォルダにあるmain.pyというファイルをダブルクリックするだけで大丈夫な場合が多いようです。
- 21-22ページ、新しくなったcaDNAno2.4を使用したい場合は、21ページの「pdfファイルは英語で記述されていますので、」から22ページの「設計画面が開くはずです。」（2,1.2節の最後）に書いてある方法は無視します。 その代わり、python3をインストールした状態で、シェルにおいて「python -m pip install cadnano2」というコマンドを実行すれば、caDNAno 2.4がインストールできます（2022年1月現在）。 シェルは、Windowsでは「powershell」、MacやLinuxでは「ターミナル」で使用可能です。Windowsの場合、22ページの説明にある通り、Windowsのタスクバーにある「ここに入力して検索」にpowershellと入力してシェルを開きます。 上記の「python -m pip install cadnano2」コマンドを実行後、caDNAnoを起動するには、シェルにおいて「cadnano2」というコマンドを実行します。
- 25ページ、最後の段落の4行目：誤× 「DNAの位相を表しています」、正○ 「DNAらせん構造の位相を表しています」
- 57ページ、図3.36の説明：誤× 「ばねとして一本鎖」、正○ 「ばねとしての一本鎖」
- 174ページ、図9.36(b)に間違いがありました、以下が正しい図9.36です。
- 175ページ、図9.37(b)に間違いがありました、以下が正しい図9.37です。
- 183ページ、図10.14の説明：誤× 「右面は凹」、正○ 「左面は凹」
- 209ページ、11行目： 「GE Healthcare Life Sciences」は 「Cytiva」というブランド名に変更になったようです。