Ibuki Kawamata

川又 生吹

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last update: 22, November, 2024
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2022Cover1
Designed by a company
(materials provided by Kotaro Watanabe and Yuki Suzuki)
2022Cover1
Designed by Ibuki Kawamata and Yuki Suzuki,
submitted but not selected as a cover
2021Cover2
Designed by a company
(materials provided by Ibuki Kawamata)
2021Cover1
Designed by Sho Aradachi
2020Cover1
Designed by Ibuki Kawamata, Shiyun Liu, and Sho Aradachi
2019Cover2
Designed by a company
2019Cover1
Designed by Ibuki Kawamata and Sho Aradachi
2017Cover2
Designed by Sho Aradachi
2017Cover1
Designed by Sho Aradachi
2016Cover1
Designed by Ibuki Kawamata

Publication

  1. Ibuki Kawamata, Kohei Nishiyama, Daiki Matsumoto, Shosei Ichiseki, Jakia J. Keya, Kohei Okuyama, Masatoshi Ichikawa, Arif M. R. Kabir, Yusuke Sato, Daisuke Inoue, Satoshi Murata, Kazuki Sada, Akira Kakugo, Shin-ichiro M. Nomura, Autonomous assembly and disassembly of gliding molecular robots regulated by a DNA-based molecular controller, Science Advances, Vol. 10, pp. eadn4490, 2024, DOI:10.1126/sciadv.adn4490
  2. Hideaki Matsubayashi, Jack Mountain, Nozomi Takahashi, Abhijit Deb Roy, Tony Yao, Amy F. Peterson, Cristian Saez Gonzalez, Ibuki Kawamata, Takanari Inoue, Non-catalytic role of phosphoinositide 3-kinase in mesenchymal cell migration through non-canonical induction of p85β/AP2-mediated endocytosis, Nature Communications, Vol. 15, No. 2612, 2024, DOI:10.1038/s41467-024-46855-y
  3. 川又生吹, 清水 稜, Richard J. Archer, 野村 M. 慎一郎, 第10章, 第5節「実験自動化による人工多細胞体の作製と観察への取り組みと今後の展望」, 実験の自動化・自律化によるR&Dの効率化と運用方法, pp. 523-538, December, 2023
  4. Deepak Karna, Eriko Mano, Jiahao Ji, Ibuki Kawamata*, Yuki Suzuki*, Hanbin Mao*, Long-range Chemo-mechanical Force Modulates Higher Order Mesoscale Biostructures, Nature Communications, Vol. 14, No. 6459, 2023, DOI:10.1038/s41467-023-41604-z
  5. Nathanael Aubert-Kato, Geoff Nitschke, Ibuki Kawamata, Akira Kakugo, Collective Cargo Transport and Sorting with Molecular Swarms, ALIFE 2023: Ghost in the Machine: Proceedings of the 2023 Artificial Life Conference, pp. 593--601, 2023, DOI:10.1162/isal_a_00593
  6. Kotaro Watanabe, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Yuki Suzuki, Multi-reconfigurable DNA Origami Nanolattice Driven by the Combination of Orthogonal Signals, JACS Au, Vol. 3, Issue 5, pp. 1435-1442, 2023, DOI:10.1021/jacsau.3c00091
  7. Taisei Mori, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Self-replication and Mutation of Polymeric Molecules Simulated by Simplified Chemistry, 14th International Workshop on Parallel and Distributed Algorithms and Applications (PDAA), in Tenth International Symposium on Computing and Networking Workshops (CANDARW), pp. 192-198, 2022, DOI:10.1109/CANDARW57323.2022.00083
  8. Ibuki Kawamata, Book sections: "Secondary Structure Prediction and Sequence Design Technology", "Trends in DNA Logic Circuit Technology", in "Molecular Robotics, An Introduction" by Satoshi Murata, 2022, DOI:10.1007/978-981-19-3987-7_2
  9. Antti Elonen, Ashwin K. Natarajan, Ibuki Kawamata, Lukas Oesinghaus, Abdulmelik Mohammed, Jani Seitsonen, Yuki Suzuki, Friedrich C. Simmel, Anton Kuzyk, Pekka Orponen, Algorithmic design of 3D wireframe RNA polyhedra, ACS Nano, Vol. 16, No. 10, pp. 16608-16616, 2022, DOI:10.1021/acsnano.2c06035/
  10. Ibuki Kawamata, Book chapter: Advancement of Computer-aided Design Software and Simulation tools for Nucleic acid Nanostructures and DNA Origami, in "DNA Origami: Structures, Technology, and Applications" by Masayuki Endo, 2022
  11. Yuki Suzuki, Ibuki Kawamata, Kotaro Watanae, Eriko Mano, Lipid Bilayer-assisted dynamic self-assembly of hexagonal DNA origami blocks into monolayer crystaline structures with designed geometries, iScience, Vol. 25, Issue 5, pp. 104292, 2022, DOI:10.1016/j.isci.2022.104292
  12. Ibuki Kawamata, Shin-Ichiro M. Nomura, Satoshi Murata, Autonomous and Programmable Strand Generator Implemented as DNA and Enzymatic Chemical Reaction Cascade, New Generation Computing, Vol. 40, pp. 723-736, 2022, DOI:10.1007/s00354-022-00156-4
  13. 村田智, 葛谷明紀, 藤原慶, 平順一, 川又生吹, 佐藤佑介, 瀧ノ上正浩, 野村M.慎一郎, 角五彰, 堀豊, 安部桂太, 大学の枠を超えたオンライン生体分子デザインコンペティションの取り組み, 工学教育, Vol. 69, No. 4, pp. 31-39, 2021, DOI:10.4307/jsee.69.4_31
  14. Keita Abe, Satoshi Murata, Ibuki Kawamata*, Cascaded pattern formation in hydrogel medium using the polymerisation approach, Soft Matter, Vol. 17, Issue 25, pp. 6160-6167, 2021, DOI:10.1039/D1SM00296A
  15. 川又生吹, 鈴木勇輝, 村田智, DNA origami入門 基礎から学ぶDNAナノ構造体の設計技法, オーム社, ISBN 978-4-274-22713-4, 2021
  16. Yudai Yamashita, Kotaro Watanabe, Satoshi Murata, Ibuki Kawamata*, Web Server with a Simple Interface for Coarse-grained Molecular Dynamics of DNA Nanostructures, Chem-Bio Informatics Journal, Vol. 21, pp. 28-38, 2021, DOI:10.1273/cbij.21.28
  17. Shoji Iwabuchi, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Shin-Ichiro M. Nomura, Large, square-shaped, DNA origami nanopore with sealing function on giant vesicle membrane, Chemical Communications, Vol. 57, pp. 2990-2993, 2021, DOI:10.1039/d0cc07412h
  18. Deepak Karna, Morgan Stilgenbauer, Sagun Jonchhe, Kazuya Ankai, Ibuki Kawamata, Yunxi Cui, Yaorong Zheng, Yuki Suzuki, Hanbin Mao, Chemo-mechanical Modulation of Cell Motions Using DNA Nanosprings, Bioconjugate Chemistry, Vol. 32, Issue 2, pp. 311-317, 2021, DOI:10.1021/acs.bioconjchem.0c00674
  19. Shiyun Liu, Satoshi Murata, Ibuki Kawamata*, DNA Ring Motif with Flexible Joints, Micromachines, Vol. 11, Issue 11, pp. 987, 2020, DOI:10.3390/mi11110987
  20. Yuta Matsumura, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Design Automation of Polyomino Set That Self-Assembles into a Desired Shape, 26th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming, LIPICS, Vol. 174, ISBN 978-3-95977-163-4, pp. 8:1-8:15, 2020, DOI:10.4230/LIPIcs.DNA.2020.8
  21. Tatsuya Yamashita, Teijiro Isokawa, Ferdinand Peper, Ibuki Kawamata, Masami Hagiya, Turing-completeness of asynchronous non-camouflage cellular automata, Information and Computation, Vol. 274, pp. 104539, 2020, DOI:10.1016/j.ic.2020.104539
  22. Yuki Suzuki*, Ibuki Kawamata*, Kohei Mizuno, Satoshi Murata, Large deformation of a DNA origami nanoarm through the cumulative actuation of tension-adjustable modules, Angewandte Chemie International Edition, Vol. 59, Issue 15, pp. 6230-6234, 2020, DOI:10.1002/anie.201916233
  23. Taiki Watanabe, Yusuke Sato, Hayato Otaka, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Shin-Ichiro M. Nomura, DNA Origami “Quick” Refolding inside of a Micron-Sized Compartment, Molecules, Vol. 25, Issue 1, pp. 8, 2020, DOI:10.3390/molecules25010008
  24. Yusuke Sato, Ken Komiya, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Shinichiro M. Nomura, Isothermal amplification of specific DNA molecules inside giant unilamellar vesicles, Chemical Communications, Vol. 55, pp. 9084-9087, 2019, DOI:10.1039/c9cc03277k
  25. Satoshi Murata, Ibuki Kawamata, Yuki Suzuki, Shinichiro M. Nomura, Developing Students Abilities by Design Competition, JSEE Annual Conference International Session Proceedings, Vol. 2019, pp. 68-73, 2019, DOI:10.20549/jseeen.2019.0_68
  26. Keita Abe, Ibuki Kawamata, Shin-ichiro M. Nomura, Satoshi Murata, Programmable reactions and diffusion using DNA for pattern formation in hydrogel medium, Molecular Systems Design & Engineering, Vol. 4, Issue 3, pp. 639-643, 2019, DOI:10.1039/C9ME00004F
  27. Takuto Hosoya, Ibuki Kawamata*, Shin-ichiro M. Nomura, Satoshi Murata*, Pattern Formation on Discrete Gel Matrix based on DNA Computing, New Generation Computing, Vol. 37, Issue 1, pp. 97-111, 2019, DOI:10.1007/s00354-018-0047-1
  28. 川又生吹, 他 (分子ロボティクス研究会著), 村田智編, 分子ロボティクス概論 分子のデザインでシステムを創る, eBook Series No. 3 情報計算化学生物学会 (CBI学会)出版 ISBN 978-4-9909076-4-8, 2019
  29. Thanapop Rodjanapanyakul, Fumi Takabatake, Keita Abe, Ibuki Kawamata, Shin-ichiro M. Nomura, Satoshi Murata, Diffusion modulation of DNA by toehold exchange, Physical Review E, Vol. 97, Issue 5, pp. 052617, 2018, DOI:10.1103/PhysRevE.97.052617
  30. Takashi Nakakuki, Jun-ichi Imura, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Robustness of DNA Strand Displacement Systems, IFAC-PapersOnLine, Vol. 51, Issue 31, pp. 32-37, 2018, DOI:10.1016/j.ifacol.2018.12.081
  31. Satoshi Murata, Ibuki Kawamata, Shin-ichiro Nomura, How to Develop Students’ Creativity?—A Case of Student Competition of Biomolecular Design, Forma, Vol. 33, pp. S13-S16, 2018, DOI:10.5047/forma.2018.s004
  32. Ryo Kageyama, Ibuki Kawamata, Kaori Tanabe, Yuki Suzuki, Shin-ichiro Nomura, Satoshi Murata, Construction of T-motif-based DNA nanostructures using enzymatic reactions, ChemBioChem, Vol. 19, Issue 8, pp. 873-876, 2018, DOI:10.1002/cbic.201700682
  33. Takeo Uchida, Keita Abe, Yuma Endo, Shosei Ichiseki, Satoru Akita, Shiyun Liu, Sho Aradachi, Masataka Saito, Akihiko Fukuchi, Taiyo Kikkawa, Theo Dammaretz, Ibuki Kawamata*, Yuki Suzuki, Shin-ichiro M. Nomura, Satoshi Murata, Revolving Vernier Mechanism Controls Size of Linear Homomultimer, Small, Vol. 13, No. 41, pp. 1702158, 2017, DOI:10.1002/smll.201702158
  34. Takahiro Tomaru, Yuki Suzuki, Ibuki Kawamata, Shin-ichiro M. Nomura, Satoshi Murata, Stepping operation of a rotary DNA origami device, Chemical Communications, Vol. 53, Issue 55, pp. 7716-7719, 2017, DOI:10.1039/C7CC03214E
  35. Chikako Kurokawa, Kei Fujiwara, Masamune Morita, Ibuki Kawamata, Yui Kawagishi, Atsushi Sakai, Yoshihiro Murayama, Shin-ichiro M. Nomura, Satoshi Murata, Masahiro Takinoue, Miho Yanagisawa, DNA cytoskeleton for stabilizing artificial cells, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Vol. 114, Issue 28 pp. 7228-7233, 2017, DOI:10.1073/pnas.1702208114
  36. 佐藤佑介, 川又生吹, 野村M.慎一郎, アメーバ型分子ロボットの可能性, 医薬と検査機器・試薬, No. 40, pp. 190-194, 2017
  37. Nathanael Aubert-Kato, Charles Fosseprez, Guillaume Gines, Ibuki Kawamata, Quang Huy Dinh, Leo Cazenille, Andre Estevez-Torres, Masami Hagiya, Yannick Rondelez, Nicolas Bredeche, Evolutionary optimization of self-assembly in a swarm of bio-micro-robots, The Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO 2017), pp. 59-66, 2017, DOI:10.1145/3071178.3071289
  38. Keitel Cervantes-Salguero, Ibuki Kawamata, Shin-ichiro M. Nomura, Satoshi Murata, Unzipping and shearing DNA with electrophoresed nanoparticles in hydrogels, Physical Chemistry Chemical Physics, Vol. 19, pp. 13414-13418, 2017, DOI:10.1039/C7CP02214J
  39. Tatsuya Yamashita, Teijiro Isokawa, Ferdinand Peper, Ibuki Kawamata, Masami Hagiya, Turing-Completeness of Asynchronous Non-camouflage Cellular Automata, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 10248, pp. 187-199, 2017, DOI:10.1007/978-3-319-58631-1_15
  40. Fumi Takabatake, Ibuki Kawamata, Ken Sugawara, Satoshi Murata, Discretization of Chemical Reactions in a Periodic Cellular Space, New Generation Computing, Vol. 35, Issue 3, pp. 213-223, 2017, DOI:10.1007/s00354-017-0009-z
  41. Yusuke Sato, Yuichi Hiratsuka, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Shin-ichiro M. Nomura, Micrometer-sized molecular robot changes its shape in response to signal molecules, Science Robotics, Vol. 2, Issue 4, 2017, DOI:10.1126/scirobotics.aal3735
  42. Ibuki Kawamata, Takuto Hosoya, Fumi Takabatake, Ken Sugawara, Shin-ichiro M. Nomura, Teijiro Isokawa, Ferdinand Peper, Masami Hagiya, Satoshi Murata, Pattern Formation and Computation by Autonomous Chemical Reaction Diffusion Model Inspired by Cellular Automaton, The Frouth International Symposium on Computing and Networking, pp. 215-221, 2016, DOI:10.1109/CANDAR.2016.0046
  43. Ibuki Kawamata, Satoru Yoshizawa, Fumi Takabatake, Ken Sugawara, Satoshi Murata, Discrete DNA Reaction-Diffusion Model for Implementing Simple Cellular Automaton, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 9726, pp. 168-181, 2016, DOI:10.1007/978-3-319-41312-9_14
  44. Teijiro Isokawa, Ferdinand Pepper, Ibuki Kawamata, Nobuyuki Matsui, Satoshi Murata, Masami Hagiya, Universal Totalistic Asynchonous Cellular Automaton and Its Possible Implementation by DNA, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 9726, pp. 182-195, 2016, DOI:10.1007/978-3-319-41312-9_15
  45. Daisuke Kandatsu, Keitel Cervantes-Salguero, Ibuki Kawamata, Shogo Hamada, Shin-Ichiro M. Nomura, Kenzo Fujimoto, Satoshi Murata, Reversible Gel-Sol Transition of Photo-Responsive DNA Gel, ChemBioChem, Vol. 17, pp. 1118-1121, 2016, DOI: 10.1002/cbic.201600088
  46. Yusuke Yonamine, Keitel Cervantes-Salguero, Kosuke Minami, Ibuki Kawamata, Waka Nakanishi, Jonathan P. Hillab, Satoshi Murata, Katsuhiko Ariga, Supramolecular 1-D polymerization of DNA origami through a dynamic process at the 2-dimensionally confined air-water interface, Physical Chemistry Chemical Physics, Vol. 18, pp. 12576-12581, 2016, DOI:10.1039/C6CP01586G
  47. 川又生吹, 他 (分子ロボティクス研究会編), DNA分子デザインのすべて BIOMOD虎の巻, eBook Series No. 2 情報計算化学生物学会 (CBI学会)出版 ISBN 978-4-9903708-9-3, 2016, pdf
  48. Ibuki Kawamata, Masami Hagiya, Design Automation of Nucleic Acid Reaction System Simulated by Chemical Kinetics Based on Graph Rewriting Model, in "Evolutionary Computation in Gene Regulatory Network Research" by Hitoshi Iba and Nasimul Noman, pp. 211-239, February, 2016, DOI: 10.1002/9781119079453.ch9
  49. Yusuke Yonamine, Keitel Cervantes-Salguero, Waka Nakanishi, Ibuki Kawamata, Kosuke Minami, Hirokazu Komatsu, Satoshi Murata, Jonathan P. Hillab, Katsuhiko Ariga, In situ 2D-extraction of DNA wheels by 3D through-solution transport, Physical Chemistry Chemical Physics, Vol. 17, pp. 32122-32125, 2015, DOI:10.1039/C5CP05765E
  50. Masami Hagiya, Shaoyu Wang, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Teijiro Isokawa, Ferdinand Peper, Katsunobu Imai, On DNA-based Gellular Automata, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 8553, 2014, DOI:10.1007/978-3-319-08123-6_15
  51. Ibuki Kawamata, Simulation and Automatic Design of Nucleic Acid Reaction System, Ph.D thesis
  52. Miki Hirabayashi, Ibuki Kawamata, Masami Hagiya, Hiroaki Kojima, Kazuhiro Oiwa, Analysis on THz applications for DNA nanomachines, 38th International Conference on Infrared, Millimeter, and Terahertz Waves (IRMMW-THz), 2013, DOI:10.1109/IRMMW-THz.2013.6665783
  53. Masami Hagiya, Ibuki Kawamata, Towards Co-evolution of Information, Life and Artificial Life, Natural Computing and Beyond, Proceedings in Information and Communications Technology, Vol. 6, pp. 39-48, 2013, DOI:10.1007/978-4-431-54394-7_4
  54. Miki Hirabayashi, Ibuki Kawamata, Masami Hagiya, Hiroaki Kojima, Kazuhiro Oiwa, In silico design control of the trade-off balance in robustness and fragility of logical circuits using DNA nanostructures, 12th IEEE International Conference on Nanotechnology (IEEE-NANO), 2012, DOI:10.1109/NANO.2012.6321946
  55. Ibuki Kawamata, Nathanael Aubert, Masahiro Hamano, Masami Hagiya, Abstraction of Graph-Based Models of Bio-Molecular Reaction Systems for Efficient Simulation, 10th International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2012), Lecture Notes in Bioinformatics, Vol. 7605, pp. 187-206, 2012, DOI:10.1007/978-3-642-33636-2_12
  56. Ibuki Kawamata, Fumiaki Tanaka, Masami Hagiya, Abstraction of DNA Graph Structures for Efficient Enumeration and Simulation, The 2011 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications, Proceedings, pp. 800-806, 2011, DOI:10.1007/978-3-642-33636-2_12
  57. Masami Hagiya, Fumiaki Tanaka, Ibuki Kawamata, IT for Synthetic Biology and DNA Nanotechnology, Crossroads The ACM Magazine for Students (XRDS), Vol. 17 No. 1, pp. 16-21, 2010, DOI:10.1145/1836543.1836551
  58. Ibuki Kawamata, Fumiaki Tanaka, Masami Hagiya, Automatic Design of DNA Logic Gates Based on Kinetic Simulation, DNA Computing and Molecular Programming, The 15th International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 5877, pp. 88-96, 2009, DOI:10.1007/978-3-642-10604-0_9

Misc

Most of them are in Japanese. (show/hide Japanese)
  1. 安部桂太, 村田智, 川又生吹, DNA配列デザインによる反応拡散系のパターン形成プログラミング, 生物物理65巻1号
  2. Kai Yoshida, Keita Abe, Yusuke Sato, Ibuki Kawamata, Richard James Archer, Hideaki T. Matsubayashi, Shogo Hamada, Satoshi Murata, Shin-ichiro M. Nomura, Transmembrane DNA Sequence Signaling via Hybridization, ChemRxiv, 2024, DOI:10.26434/chemrxiv-2024-571kp
  3. 川又生吹, 研究最前線 "Autonomous assembly and disassembly of gliding molecular robots regulated by a DNA-based molecular controller", 学術変革領域（A) Molecular Cybernetics News Letter 分子サイバネティクスニュースレター, Vol. 15, pp. 2, 2024
  4. 川又生吹, 龔逸鳴, 化学反応系によるリザバー計算 (解説), 現代化学 9, No. 642, pp. 9, 2024
  5. プレスリリース, 自分で集合と散開をする群体分子ロボットを開発, 京都大学, 2024
  6. 川又生吹, 口頭発表O08 『分子ロボティクス』, CBI学会誌, 第12巻, 第1号, pp. 25, 2024
  7. 川又生吹, 佐藤 佑介, 小宮 健, 多田隈 尚史, 豊田 太郎, フォーカストセッションFS07 『分子ロボティクス研究会「人工生体分子で脂質膜間通信を目指す」』, CBI学会誌, 第12巻, 第1号, pp. 17, 2024
  8. 川又生吹, DNA オリガミ法で作るナノ構造体, 化学とマイクロ・ナノシステム学会誌, 第22巻, 第2号, 2023
  9. 川又生吹, 第6回分子ロボティクス年次大会活動報告, 学術変革領域（A) Molecular Cybernetics News Letter 分子サイバネティクスニュースレター, Vol. 8, pp. 8-9, 2022
  10. 本間 光貴, 川又生吹, 口頭発表O8 『創薬応用 (3)/分子ロボティクス』, CBI学会誌, 第10巻, 第4号, pp. 41, 2022
  11. 川又生吹, 口頭発表O7 『分子ロボティクス/レギュラトリサイエンス』, CBI学会誌, 第10巻, 第4号, pp. 40, 2022
  12. Antti Elonen, Ashwin K. Natarajan, Ibuki Kawamata, Lukas Oesinghaus, Abdulmelik Mohammed, Jani Seitsonen, Yuki Suzuki, Friedrich C. Simmel, Anton Kuzyk, Pekka Orponen, Algorithmic design of 3D wireframe RNA polyhedra, bioRxiv, 2022, DOI:10.1101/2022.04.27.489653
  13. 夏目やよい, 川又生吹, 口頭発表3 「ADME・毒性 / バイオインフォマティックス /分子ロボティクス / その他」, CBI学会誌, 第9巻, 第4号, pp. 37, 2021
  14. 川又生吹, 参画研究者紹介 "C01 分担者 川又生吹", 学術変革領域（A) Molecular Cybernetics News Letter 分子サイバネティクスニュースレター, Vol. 4, pp. 14, 2021
  15. 川又生吹, 研究最前線 "Cascaded pattern formation in hydrogel medium using the polymerisation approach", 学術変革領域（A) Molecular Cybernetics News Letter 分子サイバネティクスニュースレター, Vol. 3, pp. 1, 2021
  16. 川又生吹, 新刊情報 "DNA origami入門 基礎から学ぶDNAナノ構造体の設計技法", 学術変革領域（A) Molecular Cybernetics News Letter 分子サイバネティクスニュースレター, Vol. 3, pp. 5, 2021
  17. 佐藤佑介, 川又生吹, 小宮健, <口頭発表3> 分子ロボティクス, CBI学会誌, 第8巻, 第4号, pp. 26-27, 2020
  18. 小宮健, 川又生吹, FS-21口頭発表 「分子ロボティクス」分野, CBI学会誌, 第7巻, 第4号, pp. 29 2019
  19. 川又生吹, 村田智, 鎖交換反応を用いたDNA拡散速度の制御, 計測と制御 4, Vol. 58, pp. 264-269, 公益社団法人計測自動制御学会, ISSN 0453-4662, 2019
  20. 川又生吹, DNAナノ構造のためのソフトウェア, 現代化学 9, No. 546, pp. 27-31, 2016
  21. 川又生吹, DNA分子計算の結果を数字として表示する (解説), 現代化学 4, No. 541, pp. 11-12, 2016
  22. 川又生吹, 平林美樹, 西川明男, DNAセンサ, DNAアクチュエータ, DNAロボット, 日本ロボット学会誌2010, Vol. 28, No. 10, pp. 1162-1167, 2010

Funding

All of them are in Japanese. (show/hide Japanese)
  1. 研究代表者, 基盤研究(C), 分子シミュレーションと実験自動化による大規模DNA構造体設計手法の開発, 2022-2026
  2. 研究分担者(代表:角五 彰), 基盤研究(A), 分子群ロボティクス：分子群ロボットによる仕事の検証と社会実装課題の提案, 2021-2024
  3. 研究代表者, 三菱財団自然科学研究助成, 若手助成, 多関節からなる柔軟なDNAオリガミナノ構造体の集合, 2021-2022
  4. 研究分担者(代表:中茎 隆), 学術変革領域研究(A) 計画研究, ミニマル人工脳のための記憶・学習分子回路の開発, 2020-2025
  5. 研究分担者(代表:村田 智), 基盤研究(A), 時空間分子プログラミングの新展開, 2020-2025
  6. 研究分担者(代表:オベル加藤 ナタナエル), 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)), Optimization of molecular robot swarms for the emergence of collective behaviors, 2019-2024
  7. 研究代表者, 東北大学 学際科学フロンティア研究所 領域創成研究プログラム, 機能性核酸を用いて渦巻状に自己組織化するDNAオリガミの開発, 2019-2021
  8. 研究分担者(代表:村田 智), 挑戦的研究(萌芽), DNA膜モチーフによる人工膜システムの創成, 2018-2019
  9. 研究代表者, 若手研究, DNAオリガミ超分子の合理設計に向けた新規プラットフォーム開発, 2018-2021
  10. 研究分担者(代表:小長谷 明彦), 基盤研究(A), 分子ロボティクスによる糖尿病モデルマウス血糖値制御法の研究, 2017-2020
  11. 研究代表者, 平成29年度東北大学工学研究科若手教員長期海外派遣プログラム, 実験物理学的アプローチによる新規DNA分子システム開発に関する研究, 2017-2018
  12. 研究分担者(代表:村田 智), 基盤研究(A), 分子ロボットの行動プログラミングのための制御系構築, 2015-2018
  13. 研究代表者, 研究活動スタート支援, 核酸を用いたプログラム可能な反応拡散系の設計および実装に関する研究, 2014-2016
  14. 連携研究者, 新学術領域研究(研究領域提案型), 構造化ゲルと化学反応場の協働による運動創発, 2012-2017
  15. 連携研究者, 基盤研究(S), DNAナノエンジニアリングによる分子ロボティクスの創成, 2010-2015
  16. 研究代表者, 特別研究員奨励費(DC1), 分子計算系の進化的計算手法を用いた設計に関する研究, 2011-2013
科研費データベース

Awards

(see presentation for detail)
  1. Thorlabs Japan award, November, 2023
  2. Lab on a Chip outstanding research award (RSC award), May, 2023
  3. 分子ロボティクス若手奨励賞, 2016年3月
  4. Excellent Poster Award, October, 2013
  5. ISNSCE Award, June, 2010
Awards by co-authors
(see presentation for detail)
  1. Poster Award, Bokusui Nakayama, November, 2024
  2. Excellent Presentation Award, Student Travel Award, Yiming Gong, October, 2024
  3. Best Poster Award, Student Travel Award, Chung Wing Chan, October, 2024
  4. 分子ロボティクス若手奨励賞, 高橋風雲, 2024年3月
  5. 分子ロボティクス若手奨励賞, 山下雄大, 2022年11月
  6. 分子ロボティクス若手奨励賞, 吉田海, 2022年11月
  7. 学生発表賞, 西山晃平 2021年11月
  8. 分子ロボティクス若手奨励賞, 松本大輝, 2021年11月
  9. 分子ロボティクス若手奨励賞, 岩渕祥璽, 2021年11月
  10. 分子ロボティクス若手奨励賞, 安部桂太, 2019年3月
  11. 計測自動制御学会学術奨励賞, 安部桂太, 2018年1月
  12. Student Poster Award, Satoru Yoshizawa, August, 2015
  13. Student Poster Award, Ban Okabayashi, October, 2014

Conference oral presentations

  1. Ibuki Kawamata, Kohei Nishiyama, Daiki Matsumoto, Shosei Ichiseki, Jakia J. Keya, Kohei Okuyama,1 Masatoshi Ichikawa, Arif M. R. Kabir, Yusuke Sato, Daisuke Inoue, Satoshi Murata, Kazuki Sada, Akira Kakugo, Shin-ichiro M. Nomura, Autonomous assembly and disassembly of gliding molecular robots using DNA computing, 14th International Gel Symposium, Okinawa, Japan, Novemer, 2024 [Invited talk]
  2. Ibuki Kawamata, Integrated web user interface for DNA nanotechnology including coarse-grained molecular dynamics simulation, Chem-Bio Informatics Society(CBI) Annual Meeting 2024, Funabori, Tokyo, October, 2024
  3. Ibuki Kawamata, Utilization of DNA for Programming, Constructing, and Controlling Molecular Machinery, The 1st Korea/Japan Joint Workshop, Wakayama, Japan, October, 2024
  4. 川又生吹, 西山晃平, 松本大輝, 市堰翔成, Jakia J. Keya, 奥山紘平, 市川正敏, Arif M. R. Kabir, 佐藤佑介, 井上大介, 村田智, 佐田和己, 角五彰, 野村M.慎一郎, DNA反応ネットワークを用いた自発的な微小管の集合と離散, 日本物理学会 第79回年次大会（2024年）アクティブマター合同セッション, 札幌, 北海道, 2024年9月
  5. 川又生吹, 講習2 Visual DSD：DNA 反応系設計ソフトウェア, 分子ロボティクス夏の学校2024, オンライン, 2024年7月
  6. 川又生吹, DNA化学反応ネットワークのダイナミクス, 西日本非線形科学研究会2024, 広島大学, 2024年6月 [招待講演]
  7. Ibuki Kawamata, Online user interface of computational tools for accelerating DNA nanotechnology research, DNA Nanomachine Tutorial, International Union for Pure and Applied Biophysics (IUPAB), Kyoto, Japan, June, 2024
  8. Ibuki Kawamata, Tools for Designing, Simulation and Visualization of DNA Nanomachines, Hands-on training program D: DNA nanomaachine tutorial, International Union for Pure and Applied Biophysics (IUPAB), Kyoto, Japan, June, 2024
  9. Ibuki Kawamata, Autonomous control of assembling and disassembling of microtubules by DNA, Seminar at The Institute of Intelligent Systems and Robotics (ISIR), Paris, France, March, 2024
  10. 川又生吹, DNAオリガミの技術紹介, 第61回日本生物物理学会年会 第二回ピッチコンテスト, 名古屋国際会議場, 2023年11月 [ソーラボジャパン賞 (Thorlabs Japan award)]
  11. 川又生吹, 分子ロボティクス研究会とセッションの紹介, CBI学会2023年フォーカストセッションFS07「分子ロボティクス研究会」, 船堀, 2023年10月
  12. Ibuki Kawamata, Realization of Self-assembling Tiles using DNA Nanotechnology, Mathematics of tilings and quasiperiodic systems, RIMS, Kyoto, Japan, October, 2023 [Invited talk]
  13. 川又生吹, DNA反応系によるガラス上キネシン-微小管運動の制御, 第12回分子モーター討論会, 仙台, 2023年9月 [Invited talk]
  14. 川又生吹, DNAナノ構造体のモデル化および可視化のためのソフトウェア講習, 仙台, 2023年9月
  15. 川又生吹, 講習2 Visual DSD：DNA 反応系設計ソフトウェア 分子ロボティクス夏の学校2023, オンライン, 2023年7月
  16. Ibuki Kawamata, Molecular-scale robots built from DNA and their self-assembly, Seminar at The Institute of Intelligent Systems and Robotics (ISIR), Paris, France, March, 2023
  17. Ibuki Kawamata, Synthetic DNA reaction-diffusion system for pattern formation, materialization, and wrinkling, Seminar of Laboratoire Jean Perrin, Paris, France, March, 2023 [Invited talk]
  18. 川又生吹, 講習2 Visual DSD：DNA 反応系設計ソフトウェア 分子ロボティクス夏の学校2022, オンライン, 2022年7月
  19. Ibuki Kawamata, DNA nanotechnology for building mechanical and programmable nano-structures , Molecular Nanotechnology topical Meeting (LIMMS), Online, April, 2022 [Invited talk]
  20. Ibuki Kawamata, Reaction-diffusion system using DNA computing and hydrogel platform , International Workshop on Molecular Cybernetics: Toward Chemical AI, Online, March, 2022 [Invited talk]
  21. 川又生吹, DNA分子を用いてプログラミングした化学反応ネットワーク, 発動分子科学 × 分子サイバネティクス共催ワークショップ, オンライン, 2022年3月
  22. 川又生吹, 分子ナノテクノロジーとは, OS 分子ロボティクス・分子サイバネティクス1/2 チュートリアル, 第34回自律分散システム・シンポジウム, オンライン, 2022年1月
  23. Ibuki Kawamata, Sho Aradachi, Satoshi Murata, Development of Browser-Based Software for Intuitively Manipulating and Integrating DNA Nanostructures, Organized Session: Molecular Cybernetics/Robotics & Synthetic/Systems Biology Session, 60th Annual Conference of the Society of Instrument and Control Engineers of Japan (SICE), Online, September, 2021
  24. 川又生吹, 講習2 caDNAno DNA オリガミ設計ソフトウェア, 分子ロボティクス夏の学校, オンライン, 2021年7月
  25. 川又生吹, 分子システムデザインのためのソフトウェア群, 分子ロボティクス夏の学校, オンライン, 2021年7月
  26. Ibuki Kawamata, Yudai Yamashita, Kotaro Watanabe, Sho Aradachi, Satoshi Murata, Analysis of wireframe DNA nanostructure based on coarse-grained molecular dynamics simulated on a web server with simple interface, Molecular Robotics Session, Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2020, Online, October, 2020
  27. 川又生吹, プログラムした通りにDNA反応を時空間発展させる, 核酸化学懇親会2020北海道・東北地区セミナー, 秋保, 2020年1月
  28. 川又生吹, 岩渕祥璽, 野村M.慎一郎, 村田智, 筒状DNAオリガミ構造によるリポソーム内外の分子拡散にむけて, SIG-MBI, Yagami Campus, Keio University, Kanagawa, Japan, November, 2019
  29. Ibuki Kawamata, Current and Future Trends of DNA Molecule Computation, SIG-NAC, Yagami Campus, Keio University, Kanagawa, Japan, November, 2019 [Invited talk]
  30. Ibuki Kawamata, Sho Aradachi, Satoshi Murata, A database to store design information of DNA nanostructure, Molecular Robotics Session, Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2019, Tower Hall Funabori, Tokyo, Japan, October, 2019
  31. Ibuki Kawamata, Shoji Iwabuchi, Shin-ichiro M. Nomura, Satoshi Murata, Toward molecular diffusion through liposome membrane using DNA origami structure, Japanese Society for Cell Synthesis Research 12.0, Ehime, Japan, October, 2019 [Poster selection]
  32. Ibuki Kawamata, Programming DNA reaction-diffusion system for pattern formation in hydrogel medium, Shaping Self-Assembled Mesoscale (Bio)Materials with Microengineering, Kyoto University iCeMS Main Building, March, 2019 [Invited talk]
  33. 川又生吹, 基礎から学ぶ DNAナノ構造体の設計, 分子ロボ若手会, 東京工業大学田町キャンパス, 2018年11月
  34. Ibuki Kawamata, Thanapop Rodjanapanyakul, Fumi Takabatake, Keita Abe, Shin-ichiro M. Nomura, Satoshi Murata, Modulating diffusion speed of DNA by toehold exchange, The 45th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC 2018), Kyoto University Clock Tower Centennial Hall, November, 2018
  35. Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Autonomous and Programmable Strand Generator Implemented as DNA Chemical Reaction Network, The Society of Instrument and Control Engineers Annual Conference (SICE 2018), Nara Kasugano International Forum, September, 2018
  36. 川又生吹, 基礎から学ぶ DNAナノ構造体の設計, 産総研BMRI若手会・新学術「分子ロボ」若手会ジョイントセミナー, 産総研, 2018年8月
  37. Ibuki Kawamata, A cellular automaton materialized as a DNA-based reaction-diffusion system, CS Forum, Aalto University, Helsinki, Finland, February, 2018
  38. Ibuki Kawamata, Approximate evaluation and voltage assignment for order/degree problem, The Fifth International Symposium on Computing and Networking, Aomori, Japan, November, 2017
  39. Ibuki Kawamata, Takuto Hosoya, Fumi Takabatake, Ken Sugawara, Shin-ichiro M. Nomura, Teijiro Isokawa, Ferdinand Peper, Masami Hagiya, Satoshi Murata, Pattern Formation and Computation by Autonomous Chemical Reaction Diffusion Model Inspired by Cellular Automaton, The Frouth International Symposium on Computing and Networking, Hiroshima, Japan, November, 2016
  40. Ibuki Kawamata, Teijiro Isokawa, Ferdinand Peper, 計算を行うゲルオートマトンの実現にむけて, 人工知能学会合同研究会 第62回分子生物情報研究会, 慶應義塾大学 日吉キャンパス来往舎, 2016年11月
  41. Ibuki Kawamata, Shota Kawakami, Yu-chin Chen, Shogo Hiratsuka, Sho Aradachi, Daisuke Tamatsuki, Hayato Yuuki, Takuto Takahashi, Eiki Ishihara, Shunsuke Imai, Hayato Otaka, Yuto Otaki, Kenta Suzuki, Taiki Watanabe, Ken Komiya, Fumi Takabatake, Shin-ichiro M. Nomura, Satoshi Murata, Autonomous and Programmable Strand Generator Implemented as DNA Chemical Reaction Network, The 22nd International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming, Munich, September, 2016
  42. Ibuki Kawamata, Satoru Yoshizawa, Fumi Takabatake, Ken Sugawara, Satoshi Murata, Discrete DNA Reaction-Diffusion Model for Implementing Simple Cellular Automaton, The 15th Unconventional Computation and Natural Computation (UCNC 2016), Manchester, July, 2016
  43. Ibuki Kawamata, Yuma Endo, Keita Abe, Takeo Uchida, Shosei Ichiseki, Satoru Akita, Shiyun Liu, Sho Aradachi, Masataka Saito, Akihiko Fukuchi, Taiyo Kikkawa,Theo Dammaretz, Shin-ichiro M. Nomura, and Satoshi Murata, Size Controllable Homomultimer Made of Single DNA Origami Monomer, IEEE-NEMS 2016, Matsushima, Sendai, Japan, April, 2016
  44. 川又生吹, DNA反応のカスケードをプログラムして時間的・空間的に発展させる, 分子ロボティクス定例研究会, 東北大学青葉山キャンパス, 2015年12月
  45. Ibuki Kawamata, Fumi Takabatake, Satoshi Murata, Masami Hagiya, Traveling of gelation and solation of polymer using reaction and diffusion of DNA, Japanese Society for Cell Synthesis Research 8.0, Osaka, Japan, November, 2015 [Invited talk]
  46. 川又生吹, Toward Programmable and Autonomous DNA Computing, 分子ロボティクス若手研究会, 東京工業大学田町キャンパス, 2015年8月
  47. 川又生吹, 高畠芙美, 村田智, 萩谷昌己, DNA コンピューティングを使った時空間的ゲルゾル，ゾルゲル相転移, バイオ高分子シンポジウム 2015, 東京工業大学大岡山キャンパス, 2015年7月
  48. Ibuki Kawamata, Toward Spatiotemporal Gel-sol and Sol-gel Transitions by Programmed Nano-scale DNA Reactions, The International Conference on Small Science (ICSS 2014), Eaton Hotel, Hong Kong, December, 2014 [Invited talk]
  49. Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Masami Hagiya, Spatial Sol-Gel Transition by Diffusing DNA Strand that Triggers Hybridization Chain Reaction, Molecular Robotics Session, Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2014, Tower Hall Funabori, Tokyo, October, 2014
  50. Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Masami Hagiya, Macro Scale Spatio-Temporal Gel-Sol Transition by Nano Scale DNA Hybridization Reaction, 11th Annual Conference on Foundations of Nanoscience: Self-Assembled Architectures and Devices (FNANO14), Cliff Lodge, Snowbird, Utah, April, 2014
  51. Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Masami Hagiya, Toward Spatial and Temporal Gel-Sol Transition of Hydrogel Driven by DNA Hybridization Reaction, Molecular Robotics Session, Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2013, Tower Hall Funabori, Tokyo, October, 2013
  52. 川又生吹, 萩谷昌己, 化学反応系の複雑さと分子ロボットの知能, 人工知能学会合同研究会 第51回分子生物情報研究会, 慶應義塾大学 日吉キャンパス来往舎, 2012年11月
  53. Ibuki Kawamata, Nathanael Aubert, Masahiro Hamano, Masami Hagiya, Abstraction of Graph-Based Models of Bio-Molecular Reaction Systems for Efficient Simulation, The 10th Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB2012), The Royal Society, London, October, 2012
  54. Ibuki Kawamata, Nathanael Aubert, Masahiro Hamano, Masami Hagiya, Analyzing Computational Complexity of RNA Interference by Abstraction, 6th International Workshop on Natural Computing (IWNC6), Sanjo Conference Hall, University of Tokyo, March, 2012
  55. Ibuki Kawamata, Fumiaki Tanaka, Masami Hagiya, Abstraction of DNA Graph Structures for Efficient Enumeration and Simulation, International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'11), Technical Session on Mathematical Modeling and Problem Solving, Las Vegas, Nevada, July, 2011
  56. 川又生吹, 田中文昭, 萩谷昌己, 分子反応系の自動設計およびDNAのモデリング, 2011年度人工知能学会全国大会, アイーナ いわて県民情報交流センター, 2011年6月
  57. Ibuki Kawamata, Daisuke Kiga, Masanori Arita, Fumiaki Tanaka, Masami Hagiya, Traceable and Sharable Database of Biological Experiments in Synthetic Biology, International Conference on Bioinformatics 10, Waseda University International Conference Center, Tokyo, September, 2010
  58. 川又生吹, 田中文昭, 萩谷昌己, DNAオートマトンの自動設計, 分子ロボティクス例会, 田町キャンパスイノベーションセンター, 2010年7月
  59. Ibuki Kawamata, Fumiaki Tanaka, Masami Hagiya, Automatically Designed DNA Automaton, The 16th International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming, Hong Kong University of Science and Technology, Hong Kong, June, 2010 [ISNSCE Award]
  60. Ibuki Kawamata, Fumiaki Tanaka, Masami Hagiya, Automatic Design of DNA Logic Gates Based on Kinetic Simulation, The 15th International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming, University of Arkansas, Fayetteville, Arkansas, June, 2009
Oral presentations by collaborators (not an exhaustive list)
  1. Yiming Gong, Gikyo Usuki, Sidak Singh Grewal, Kazuki Sada, Arif Md. Rashedul Kabir, Marie Tani, Masatoshi Ichikawa, Nathanael Aubert-Kato, Ibuki Kawamata, Akira Kakuto, Physical Reservoir Computing Device Using Active Matter Composed of a Swarm of Biomolecular Motors, Chem-Bio Informatics Society(CBI) Annual Meeting 2024, Funabori, Tokyo, October, 2024 [Excellent Presentation Award, Student Travel Award]
  2. 西山晃平, 松本大輝, ケヤ ジャナット ジャキア, 川又生吹, 野村M.慎一郎, 角五彰, DNAコンピューティングを用いた分子ロボットの自動制御, 生物物理学会 第59回年会, オンライン, 2021年11月 [学生発表賞]
  3. 安部桂太, 川又生吹, 鈴木勇輝, 野村M.慎一 郎, 村田智, DNA反応拡散系によるゲル媒質中でのパターン形成, 第30回自律分散システムシンポジウム, 名城大学, 2018年1月 [2018年度計測自動制御学会学術奨励賞]
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Conference poster presentations

(including presentations by collaborators, but not an exhaustive list)
  1. Bokusui Nakayama, Ryoya Hirose, Masatoshi Ichikawa, Mari Tani, Ibuki Kawamata, Akira Kakugo, Self-phoretic Motion of Janus Particles Producing a Viscous Gradient, Gel Symposium, Bankoku Shinryokan, Okinawa, November, 2024 [Poster Award]
  2. Chung Wing Chan, Marie Tani, Masatoshi Ichikawa, Ibuki Kawamata, Akira Kakuto, Anisotropic Swarming of DNA Modified Microtubules Under UV Light, Chem-Bio Informatics Society(CBI) Annual Meeting 2024, Funabori, Tokyo, October, 2024 [Best Poster Award, Student Travel Award]
  3. 高橋風雲, 野村M.慎一郎, 村田智, 川又生吹, 松林英明, 安部桂太, 人工多細胞系での時空間情報処理を目指したDNA振動回路の構築, 第7回分子ロボティクス年次大会, 東京, 2024年3月 [分子ロボティクス若手奨励賞受賞]
  4. 川又生吹, 山下雄大, 村田智, サブミクロンスケールのトラス型DNAナノ構造体の精密設計, CHEMINAS 47, 東北大学, 2023年5月 [Lab on a Chip outstanding research award (RSC award)]
  5. 山下雄大, 川又生吹, 村田智, スケーラブルな大規模DNAトラス構造体の設計と構築, 第6回分子ロボティクス年次大会, 仙台, 2022年11月 [分子ロボティクス若手奨励賞受賞]
  6. 吉田海, 川又生吹, 濵田省吾, 松林秀明, 村田智, 野村 M. 慎一郎, 人工細胞間でのDNA配列情報の伝達に向けた分子トランスデューサの研究, 第6回分子ロボティクス年次大会, 仙台, 2022年11月 [分子ロボティクス若手奨励賞受賞]
  7. 松本大輝, 西山晃平, 川又生吹, 村田智, 角五彰, 野村M.慎一郎, 微小管群ロボット操作のための人工DNAフェロモンの開発, 第5回分子ロボティクス年次大会, オンライン, 2021年11月 [分子ロボティクス若手奨励賞受賞]
  8. 岩渕祥璽, 佐藤佑介, 川又生吹, 村田智, 野村M.慎一郎, 巨大リポソーム膜面上でのサイズ選択的分子透過を実現するDNAオリガミ人工ナノポア, 第5回分子ロボティクス年次大会, オンライン, 2021年11月 [分子ロボティクス若手奨励賞受賞]
  9. 安部桂太, 川又生吹, 野村M.慎一郎, 村田智, DNAによる反応拡散系のプログラムとハイドロゲル中のパターン形成, 第2回分子ロボティクス年次大会, 東京工業大学, 2019年3月 [分子ロボティクス若手奨励賞受賞]
  10. 川又生吹, 吉澤慧, 高畠芙弥, 浅沼浩之, 野村M.慎一郎, 村田智, 萩谷昌己, DNAによるゾルゲル・ゲルゾル相転移の時空間発展 ビーズ内・ビーズ間DNA情報通信, 新学術領域分子ロボティクス領域会議, 愛知県蒲郡, 2016年3月 [若手奨励賞]
  11. Satoru Yoshizawa, Ibuki Kawamata, Shin-ichiro M. Nomura, Satoshi Murata, Molecular information processing in micro gel beads with entrapped DNAs, The 21th International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming, Harvard Univeristy, Cambridge, Massachusetts, August, 2015 [Student Poster Award]
  12. Ban Okabayashi, Ibuki Kawamata, Shin-ichiro M. Nomura, Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2014, Tower Hall Funabori, Tokyo, October, 2014 [Student Poster Award]
  13. Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Masami Hagiya, Toward Spatial and Temporal Gel-Sol Transition of Hydrogel Driven by DNA Hybridization Reaction, Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2013, Tower Hall Funabori, Tokyo, October, 2013 [Excellent Poster Award]
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Teaching and mentoring

All of them are in Japanese. (show/hide Japanese)
  1. 物理学情報処理論1, 2024年度 後期
  2. 実験物理学特論Ⅲ, 6/24, 7/1, 7/8, 7/22担当, 2024年度 前期
  3. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅱ, テーマ2 DNAナノエンジニアリングの基礎, 2023年度 後期
  4. 分子ロボティクス基礎, 4/19, 4/26担当, 2023年度 前期
  5. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅰ, テーマ6 管内流れ, 2023年度 前期
  6. 所属研究室, 学部卒業生4名, 修士修了生7名, 博士修了生1名 2023年3月
  7. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅱ, テーマ2 DNAナノエンジニアリングの基礎, 2022年度 後期
  8. 分子ロボティクス基礎, 4/20, 4/27担当, 2022年度 前期
  9. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅰ, テーマ6 管内流れ, 2022年度 前期
  10. 所属研究室, 学部卒業生3名, 修士修了生5名, 2022年3月
  11. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅱ, テーマ2 DNAナノエンジニアリングの基礎, 2021年度 後期
  12. 分子ロボティクス基礎, 5/12担当, 2021年度 前期
  13. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅰ, テーマ6 管内流れ, 2021年度 前期
  14. 所属研究室, 学部卒業生5名, 修士修了生3名, 2021年3月
  15. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅱ, テーマ2 DNAナノエンジニアリングの基礎, 2020年度 後期
  16. 分子ロボティクス基礎, 5/27担当, 2020年度 前期
  17. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅰ, テーマ6 管内流れ, 2020年度 前期
  18. 所属研究室, 学部卒業生4名, 修士修了生3名, 2020年3月
  19. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅱ, テーマ2 DNAナノエンジニアリングの基礎, 2019年度 後期
  20. 所属研究室, 学部卒業生1名, 2019年9月
  21. 分子ロボティクス基礎, 7/2担当, 2019年度 前期
  22. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅰ, テーマ6 管内流れ, 2019年度 前期
  23. 所属研究室, 学部卒業生4名, 修士修了生6名, 2019年3月
  24. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅱ, テーマ2 DNAナノエンジニアリングの基礎, 2018年度 後期
  25. 分子ロボティクス基礎, 7/3担当, 2018年度 前期
  26. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅰ, テーマ6 管内流れ, 2018年度 前期
  27. 所属研究室, 学部卒業生5名, 修士修了生1名, 2018年3月
  28. 修士修了生1名, 博士修了生1名, 2017年9月
  29. 所属研究室, 学部卒業生5名, 修士修了生5名, 2017年3月
  30. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅱバイオロボットシステムコース, テーマ7 DNAナノエンジニアリングの基礎, 2016年度 後期
  31. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅰ, テーマ2 光弾性, 2016年度 前期
  32. 所属研究室, 学部卒業生5名, 修士修了生7名, 2016年3月
  33. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅱバイオロボットシステムコース, テーマ7 DNAナノエンジニアリングの基礎, 2015年度 後期
  34. 東北大学工学部 電気工学実験, テーマ8 回路ミュレーション, 2015年度 後期
  35. 所属研究室, 学部卒業生1名, 2015年9月
  36. 分子ロボティクス基礎, 5,6,7回目担当, 2015年度 前期
  37. 所属研究室, 学部卒業生4名, 修士修了生3名, 2015年3月
  38. 東北大学工学部 機械知能・航空実験Ⅱバイオロボットシステムコース, テーマ7 DNAナノエンジニアリングの基礎, 2014年度 後期
  39. 東北大学工学部 電気工学実験, テーマ8 回路シミュレーション, 2014年度 後期
  40. Teaching assistant: 情報科学基礎実験(2009年冬学期), 留学生チューター(三名)

Conference committee, international competition, and other major contributions

  1. 座長, 口頭発表 O04 分子ロボティクス(1), CBI学会2024年大会, 船堀, 2024年10月
  2. プログラム委員, CBI学会2024年大会, 船堀, 2024年10月
  3. 出展代表者, 京都大学アカデミックデイ2024, DNAオリガミ技術とアクティブ生体分子システムの紹介, ゼスト御池, 京都, 2024年9月
  4. ラジオ出演, 第226回 DNAコンピューティングという考え方, 第227回 DNAコンピューティングの使いどころ, 第228回 ロボットを作っていたら生物になるのではないか, 第229回 大規模化するDNAコンピュータ, 鎌倉FM「理系の森」, 2024年9月
  5. 座長 日本物理学会 第79回年次大会（2024年）アクティブマター合同セッション2, 札幌、北海道, 2024年9月
  6. Program Committee, the 30th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA30), 2024
  7. 実行委員, 分子ロボティクス夏の学校2024, オンライン, 2024年
  8. 代議員 分子ロボティクス研究会, 2024年
  9. Committee of Domestic Meeting, BIOMOD 2024, online, November, 2024
  10. テレビ出演, いまからサイエンス 46, BSテレ東, 2024年5月
  11. ウェブ担当, 第7回分子ロボティクス年次大会, 東京, 2024年3月
  12. Workshop Organizer, Utilization of DNA nanotechnology, Kyoto University, Kyoto, March, 2024
  13. Team Sendai. Nano Stoma, International Bio-Molecular Design Competition (BIOMOD 2023), Multi-Purpose Digital Hall, West Bldg. 9, Tokyo Institute of Technology, Tokyo, Japan, November, 2023, link to our wiki [Grand Prize, 2nd place for Best Audience Favorite, 1st place for Best Project Website, 1st place for Best Presentation, Gold for Project Award]
  14. モデレーター, CBI学会2023年フォーカストセッションFS07「分子ロボティクス研究会」, 船堀, 2023年10月
  15. 展示ブース解説者, 日本科学振興協会(JAAS)「会いに行ける科学者フェス」, 「DNAでロボットをつくる未来をわたしも一緒に考える」, 秋葉原UDX, 東京, 2023年10月
  16. 主催, DNAナノ構造体のモデル化および可視化のためのソフトウェア講習, 仙台, 2023年9月
  17. 実行委員, 分子ロボティクス夏の学校2023, オンライン, 2023年
  18. Steering Committee (Accounting), BIOMOD 2023, November, 2023
  19. プログラム委員, CBI学会2023年大会, 船堀, 2023年10月
  20. 幹事（ウェブ担当）, 分子ロボティクス研究会, 2023年
  21. Local Organization Committee, the 29th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA29), September, 2023
  22. Program Committee, the 29th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA29), 2023
  23. Chair, PDAA2 session in CANDAR 2022, Online, November, 2022
  24. 川又生吹, 時空間的に発展するDNA計算ゲルオートマトンの研究の紹介, お茶の水女子大学, オンライン, 2022年11月 (講義)
  25. 大会実行委員長, 第6回分子ロボティクス年次大会, 仙台, 2022年11月 [「我々は生命を創れるのか」に藤崎先生のサインをもらいました。ありがとうございます!]
  26. プログラム委員, CBI学会2022年大会, 船堀, 2022年10月
  27. Committee, Team E mentor, BIOMOD Japan Open 2022, Online, September, 2022
  28. 実行委員, 分子ロボティクス夏の学校2022, オンライン, 2022年
  29. Sub-reviewer, the 28th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA28), 2022
  30. 日本科学未来館オープンラボ説明要員, 対話実験「うごく！ ふえる？ 10万分の1ミリのロボット、君ならどう使う？」, 日本科学未来館, 東京, 2022年6月
  31. 主査, 知能分子ロボティクス調査研究会, 2022年
  32. Committee, Team D mentor, BIOMOD Japan Open 2021, Online, November, 2021
  33. プログラム委員, 第5回分子ロボティクス年次大会, オンライン, 2021年11月
  34. 実行委員, 分子ロボティクス夏の学校2021, オンライン, 2021年
  35. 副主査, 知能分子ロボティクス調査研究会, 2021年
  36. プログラム委員, CBI学会2021年大会, オンライン, 2021年10月
  37. Special Issue Editor, Nano and Micro Scale Fabrication for Molecular Cybernetics and Molecular Robotics, Micromachines, 2021
  38. プログラム委員, 第4回分子ロボティクス年次大会, オンライン, 2020年11月
  39. プログラム委員, CBI学会2020年大会, オンライン, 2020年10月
  40. Committee, super mentor, BIOMOD Japan Open 2020, Online, September, 2020
  41. 川又生吹, DNAで創る超微小ロボットの部品～学生分子ロボットコンテストで世界一を獲得した東北大学の成果～, 韮山高校, 静岡, 2019年12月 (出張講義)
  42. Team Sendai. Jack and DNA stalk, International Bio-Molecular Design Competition (BIOMOD 2019), Byers Auditorium in Genentech Hall of Mission Bay Campus at University of California, Cambridge, San Francisco, California, October, 2019, link to our wiki [3rd place for Grand Prize, 1st place for Best Audience Favorite, 1st place for Best Presentation, Gold for Project Award]
  43. 川又生吹, 時空間的に発展するDNA計算ゲルオートマトンの研究の紹介, 情報科学特別講義Ⅴ, お茶の水女子大学, 東京, 2019年10月 (出張講義)
  44. 評議員, 「細胞を創る」研究会, 2019年10月～2022年10月
  45. プログラム委員, CBI学会2019年大会, 船堀, 2019年10月
  46. プログラム委員長, 「細胞を創る」研究会12.0, 松山, 2019年10月
  47. Organizer, BIOMOD Japan Meeting 2019, Institute of Industrial Science, The University of Tokyo, August, 2019
  48. Sub-reviewer, the 25th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA25), 2019
  49. 文部科学省 科学技術・学術政策研究所 科学技術予測センター NISTEP専門調査員, 2019年～
  50. Team Sendai. DNA Transfolder, International Bio-Molecular Design Competition (BIOMOD 2018), Byers Auditorium in Genentech Hall of Mission Bay Campus at University of California, Cambridge, San Francisco, California, October, 2018, link to our wiki [Grand Prize, 1st place for Best Youtube video, 1st place for Best Website, 2nd place for Best Presentation, 3rd place for Best Audience Favorite, MOLBOT award, Gold for Project Award]
  51. 大会運営事務局長, 「細胞を創る」研究会11.0, 仙台, 2018年10月
  52. Program Committee, the 24th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA24), 2018
  53. Ibuki Kawamata. Graph Golf, The Order/Degree Problem Competition, 2017, Ranking [3rd place of General Graph Widest Improvement ranking, 3rd place for General Graph Deepest Improvement ranking, 1st place for Grid Graph Widest Improvement ranking, 3rd place for Grid Graph Deepest Improvement ranking]
  54. Program Committee, the 23rd International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA23), 2017
  55. Team Sendai. DNA domino, International Bio-Molecular Design Competition (BIOMOD 2016), Byers Auditorium in Genentech Hall of Mission Bay Campus at University of California, Cambridge, San Francisco, California, October, 2016, link to our wiki [2nd place of Grand Prize, 2nd place for Best Youtube video, 3rd place for Best Presentation, MOLBOT award, Gold for Project Award]
  56. Team Sendai. Size-controllable Linear Homomultimer, International Bio-Molecular Design Competition (BIOMOD 2015), Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering at Harvard University, Cambridge, Massachusetts, November, 2015, link to our wiki [Grand Prize, 1st place for Best Youtube video, 2nd place for Best Audience Favorite, 2nd place for Best Presentation, 3rd place for Best Wiki, Gold for Project Award]
  57. 研究会主催, 第一回分子ロボティクス若手の会, 仙台, 2015年6月
  58. Team Sendai. Universal Strand Generator, International Bio-Molecular Design Competition (BIOMOD 2014), Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering at Harvard University, Cambridge, Massachusetts, November, 2014, link to our wiki [3rd place for Grand Prize, 3rd place for Best Audience Favorite, 3rd place for Best Presentation, 2nd place for Best Wiki, Gold for Project Award]
  59. Team UT-Komaba. DNA Screw, International Bio-Molecular Design Competition (BIOMOD 2013), Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering at Harvard University, Cambridge, Massachusetts, November, 2013, link to our wiki [Annual MOLBOT Award, Gold medal for Project Award]
  60. Team Sendai. Lipo-HANABI, International Bio-Molecular Design Competition (BIOMOD 2013), Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering at Harvard University, Cambridge, Massachusetts, November, 2013, link to our wiki [3rd place for Grand Prize, 2nd place for Best YouTube Video, 3rd place for Best Presentation, 3rd place for Best Wiki, Gold for Project Award]
  61. Jisu Lee, Takahiro Odera, Marina Kobayashi, Takayuki Iida, Aya Chikatomo, Tomoki Nakamura, Ayuka Takayanagi, Kei Nishikawa, Taira Miyakate, Naoki Wake, Yuichi Nishiwaki, Ibuki Kawamata, Teruo Fujii, Akira Suyama, Masami Hagiya (UT-Hongo). DNA Shell, International Bio-Molecular Design Competition (BIOMOD 2012), Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering at Harvard University, Cambridge, Massachusetts, November, 2012, link to our wiki [Gold for Project Award]
  62. 川又生吹, 江木聡志. Egisonで麻雀, Egison ワークショップ, 富士ソフトアキバプラザ, 2012年7月
  63. Satoshi Egi, Ibuki Kawamata, Kentaro Honda, Tetsuri Moriya, Yuichiro Nakagawa, Kosuke Ono, Yoichi Hirai (egisonists). ICFP Programming Contest 2012, July, 2012 [Passed 1st and 2nd rounds, went to the final round for lightning division, resulting in 18th out of 98 teams (even 195 teams were in main division, only 98 teams seemed to meet the deadline of lightning division)]
  64. Sara Mitsunari, Kiyohiko Inoue, Takafumi Hayashi, Hideki Kawamura, Ryuichi Kyan, Kaito Sugaya, Zicong Zhang, Hiroshi Matsukawa, Ibuki Kawamata, Masahiro Takinoue, Daisuke Kiga, Ken Komiya, Akihiko Konagaya, Masayuki Yamamura, Masami Hagiya (Team Japan Tokyo). DNA ciliate, International Bio-Molecular Design Competition (BIOMOD 2011), Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering at Harvard University, Cambridge, Massachusetts, November, 2011, link to our wiki [1st runner up for Grand Prize, 2nd prize for Best YouTube Video, Gold for Project Award]
  65. 瀬名秀明先生特別講演：分子ロボティクスのSFヴィジョン(川又が要約), 平成23年度分子ロボティクス合宿研究会, 熱海, 2011年2月 [「パラサイトイブ」に瀬名先生のサインをもらいました。ありがとうございます!]
  66. Shinya Tahara, Tomohiro Koizumi, Hiroyuki Hirota, Tomonobu Wakabayashi, Nao Nakatani, Yui Oshima, Hiroshi Shiba, Yu Takeyama, Go Shima, Akifumi Nishida, Kazuaki Amikura, Takeshi Kikuta, Ryoji Sekine, Shotaro Ayukawa, Ibuki Kawamata, Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura, Masami Hagiya. Terraforming of Mars, International Genetically Engineered Machine competition 2009 (iGem2009), Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, Massachusetts, October-November, 2009, link to our wiki [Gold medal]

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